SINOPSIS: La historia comienza en el año 2044, justo donde termina la tercera generación, la batalla final de las fuerzas humanas contra el Invid, la raza alienígena que ha tomado posesión del planeta Tierra. Durante la batalla, la Regis, algo así como la reina madre Invid decide que es momento de abandonar el planeta y anticipa que los humanos encontrarán su extinción en muy poco tiempo. Al mismo tiempo, una nave de la flota va en busca del SDF-3, comandada por el mismísimo Rick Hunter!!! (que esta vez si aparece). También están presentes Scott Bernard, Ariel e incluso Louis Nicholls, el geek de la segunda generación. En este juego también aparece una nueva raza, los Haydonitas, quienes jugarán un rol más importante de lo que los humanos creen.

Tambien hay varios guiños a la serie y varios personajes importantes son parientes de quienes fueron parte de las distintas generaciones: el hermano menor de Claudia Grant, otra hija de Max Sterling, entre otros.